在線清洗是指對反滲透裝置整體進行清洗，膜元件不用拿出壓力容器，通常在較大係統中設計使用，這種清洗方式操作簡單方便，時間短，但容易造成清洗不徹底，效果不是很理想，當反滲透裝置汙染較輕時可采用此方法。
離線清洗是指將膜元件從反滲透壓力容器中卸下，裝入專用清洗設備中進行清洗，通常一次清洗數量不超過6支。
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